Železnice se stala důležitým místem řady významných událostí v historii naší země. Nejinak tomu bylo i v době okupace Československa. Odehrávaly se zde střety nacistů s odbojáři, kteří se odmítali smířit s německou nadvládou.
Drtivá většina železničářů se zapojila do různých sabotážních akcí, přičemž prakticky každé narušení provozu Němců působilo značné problémy především zásobování válečných front. Samozřejmostí byla spolupráce a partyzány. Fašisté se proto snažili odboj zlikvidovat, což se jim však naštěstí nikdy zcela nepodařilo.
Ke krajům se silným odbojovým hnutím patřilo Berounsko. Známá je událost z 8. srpna 1943, kdy krátce po třetí hodině ráno otřásly nocí tři obrovské detonace na trati mezi Berounem a Srbskem. Dnes se o této akci hovoří o jako vůbec první svého druhu s použitím výbušnin na železnici v Čechách. Následovala navíc jen pár dní po úmyslném vykolejení vlaku u Lochovic. Výbuch poničil koleje v obou směrech a provoz na dráze se na několik hodin zcela zastavil. Bohužel se zde odboj do tří let nacistům podařilo zlikvidovat.
Nebyly to však jen střední Čechy, kam se soustředila pozornost odbojářů. Například v Jihomoravském kraji jejich hrdinství dnes připomíná 181 jmen na pamětních deskách umístěných na nádraží a zastávkách v celém regionu. Už když se chýlilo k mnichovské zradě v září 1938, přispěli strojvedoucí na trati Brno – Břeclav k odhalení nepřátelské tajné vysílačky na hřbitově v Břeclavi. Stanislav Bartošek, budoucí člen odbojové organizace „Stráž národa“, s vojenským velitelstvím v Břeclavi pomohl likvidovat henleinovskou vysílačku umístěnou v hrobce. Samotnou odbojovou skupinu zformoval Josef Vaněk v lokomotivním depu Brno-Horní Heršpice. Stráž národa prováděla sabotáže na lokomotivách či vojenských transportech.
Podobné odbojové skupiny jako v brněnském uzlu vznikaly na celé železnici. Mnoho železničářů položilo život ve službě při bombardování železničních objektů a řada strojvůdců nalezla smrt při náletech hloubkových letců „kotlařů“.